Al sur de Medina de Pomar, junto al Hospital de la Vera Cruz, el cual forma parte de este conjunto, se encuentra el Monasterio de Santa Clara.

Fue fundado en el año 1313, concretamente el 11 de enero de 1313, cuando Don Sancho Sánchez de Velasco, adelantado mayor del rey Alfonso XI, y su mujer Doña Sancha García, Camarera Mayor de doña Leonor de Aragón, firmaban en Baeza, actual provincia de Jaén, la escritura fundacional del Monasterio. En ella decían textualmente:
“… facemos en Medina de Pumar en un heredamiento nuestro que compramos con nuestros dineros que es cerca de la iglesia de San Millán de la dicha Medina, un Monasterio de Santa Clara …”.

Asimismo ordenaron colocar en él a “veinticuatro dueñas de velo prieto”, es decir, a veinticuatro monjas de velo negro, que más tarde serian ampliadas a treinta, debido al testamento de Doña Sancha, 1321.

Fue un proyecto ambicioso, ya que Don Sancho aunó Iglesia, Monasterio y Panteón familiar, movido por el deseo de consagrarlo como un rico enterramiento donde pudieran descansar los distintos miembros de su familia, con la dignidad que correspondía a su enorme poder. Y dicho deseo se cumplió, ya que a lo largo de los siglos todos los Fernández de Velasco, a excepción del primer Condestable, recibieron sepultura en él.

El primitivo edificio no tuvo la extensión que hoy ocupa, a lo largo de los tiempos el conjunto de edificaciones fue creciendo y modificándose y por cualquier parte son apreciables las huellas de continuas transformaciones, añadidos o reconstrucciones, por lo que es muy difícil señalar un estado primitivo del edificio. Se intuye que la planta definitiva quedó terminada hacia 1532.

En definitiva, el conjunto logro superar todos los tiempos de guerras y vicisitudes y Santa Clara es hoy un lugar lleno de patrimonio en el que cada rincón está repleto de un valor artístico excepcional.

Fue declarado Bien de Interés Cultural (BIC) el 2 de Abril de 1992, en categoría de Monumento.