Sobre una leve loma, pero en llano, cercano al curso del río Nela en su margen izquierdo, a escasa distancia de Medina de Pomar, encontramos a MIÑÓN DE MEDINA, a 7 Km de Villarcayo y 82 de Burgos. Lo rodean, formando corona a su alrededor, Pomar de Medina, Villamezan, Céspedes, Quintanilla de los Adrianos, Villanueva la Lastra y Medina de Pomar. En el censo-pesquisa que mandó hacer en toda Castilla en 1352 el rey Pedro I, que luego dio origen al llamado Libro de las Behetrías, aparece escrito su nombre por primera vez. Gozaba de la protección del rey, es decir, era lugar de realengo, según se descubre en las declaraciones de sus pobladores en las respuestas generales del Catastro del Marqués de la Ensenada en 1752.
A mediados del siglo XIX, en 1848, según Pascual Madoz en su Diccionario geográfico, habitaban el lugar 96 personas. De modo distinto a la inmensa mayoría de los pueblos de la provincia, disminuyó su población a lo largo de la segunda mitad del siglo XIX y contaba en 1900 con 65 habitantes. Siguió descendiendo en la dura primera mitad del siglo XX y presentaba en 1950 un censo de 43 personas. Y termina el siglo, después de sufrir los efectos de la cruel emigración, con 21 habitantes en el año 2000