La iglesia del Espíritu Santo, situada a la orilla del río, da testimonio de la historia de la ciudad durante más de 800 años. Siendo el edificio más antiguo de Miranda, de estilo predominantemente románico con algunos tintes de un incipiente gótico, se erigió en el siglo XIII bajo la advocación de San Nicolás para dar servicio pastoral a la extensión de la ciudad que se desarrollaba fuera de las antiguas murallas, allende el río Ebro. De la arquitectura de esta iglesia, declarada Monumento Histórico-Artístico de interés nacional en 1931, destacan su ábside y su portada, ambos originales. El resto del templo se encuentra muy reformado, como resultado de los daños causados por un incendio que sufrió en el año 1936, que dejaría el templo sin culto más de treinta años, deteriorándose aún más.

En 1972 la iglesia se vuelve a erigir en parroquia, esta vez bajo la advocación del Espíritu Santo, puesto que ya se había construido otra iglesia de San Nicolás en Miranda de Ebro años antes. En la actualidad continúa siendo una de las parroquias más emblemáticas de la ciudad y forma parte de una unidad pastoral junto con las parroquias de Santa María de Altamira, San José Obrero (ambas de Miranda de Ebro) y Santa María Magdalena de Suzana.