Convento disciplinario franciscano, para los miembros mas díscolos de la orden, fundado por Fray Lope de Salinas en el año de 1440 sobre los restos de un
monasterio anterior y patrocinado por don Pedro Fernández de Velasco, conde de Haro. El fundador decide ubicarlo en un lugar solitario, inhóspito y alejado de cualquier población, con el fin de que fuera el sitio ideal para la oración, penitencia y para la dedicación completa a Dios, en consonancia con los ideales de
San Francisco de Asís.
Refugio de la Junta Provincial de Defensa de
Burgos y del cura Merino durante la Guerra de la Independencia fue saqueado e incendiado por las tropas francesas en 1810. Fue abandonado en 1835.
A principios del siglo XX los muros fueron barrenados para utilizar su
piedra en la construcción de una central eléctrica cercana, cuyo
canal discurre entre el monasterio y las tenadas situadas junto al
río Arlanza.