El territorio de las Lagunas Glaciares de Neila (6.860 ha), en el sureste de la provincia de Burgos, posee una gran singularidad geomorfológica, centrada en sus formaciones de origen glaciar, y acoge en su interior una gran diversidad florística y faunística, donde destaca la presencia de especies boreo-alpinas u orófilas para las que constituye un importante refugio desde las últimas glaciaciones. Aparecen también ecosistemas acuáticos ligados al glaciarismo de notable peculiaridad, entre los que sobresalen varias lagunas de génesis glaciar que están incluidas en el Catálogo Regional de Zonas Húmedas de Interés Especial (Laguna Negra, Laguna de la Cascada, Laguna Larga, Laguna de Las Pardillas, Laguna de Los Patos, Laguna Brava, Laguna Oruga y Laguna Muñalba). Tiene además un gran atractivo paisajístico que reside en el interés y espectacularidad de las formas glaciares, los contrastes de color y textura ligados a los ecosistemas acuáticos y los paisajes propios de la alta montaña mediterránea.
Por otro lado, el valle de Neila constituye una unidad geomorfológica bien diferenciada en el conjunto de la Sierra de la Demanda, perteneciente casi exclusivamente a la cuenca hidrográfica del Ebro, con un aislamiento relativo respecto al resto de los valles de la Demanda que ha facilitado la conservación de unos valores paisajísticos propios muy destacados, un atractivo que motiva la elevada afluencia de visitantes que recibe.
Su notable relevancia medioambiental motivó su inclusión dentro de la Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA) ES 4120012 “Sierra de la Demanda”, designada por la Unión Europea el 31 de agosto de 2000, y formar parte la Lista de Lugares de Importancia Comunitaria (LIC) de la Región Biogeográfica Mediterránea, adoptada según Decisión de la Comisión Europea de 19 de julio de 2006 con el nombre ES 4120092 “Sierra de la Demanda”.
Todas estas características hacen que en conjunto el espacio delimitado manifieste unas características naturales sobresalientes o muy destacables respecto a su entorno por lo que es oportuno dotarlo de un marco jurídico que garantice la preservación de sus valores y la promoción de medidas de restauración y mejora de los recursos naturales que así lo precisen.
El Plan de Ordenación de los Recursos Naturales (PORN) de Lagunas Glaciares de Neila (Burgos) se aprobó por Decreto 111/2007, de 15 de noviembre. Su declaración como Parque Natural de las Lagunas Glaciares de Neila se produjo mediante la Ley 12/2008, de 9 de diciembre. Y recientemente se ha publicado el Decreto 47/2009, de 16 de julio, por el que se regula la composición de su Junta Rectora