Templo que pertenece al monasterio de San Salvador. Fue separada de él para convertirla en parroquia tras la desamortización. De su origen románico quedan los muros de la nave y alguna ventana.
Entrando en el pórtico románico terminado en 1072, se pueden ver las pinturas de su bóveda del siglo XV, del monje Fray Alonso de Zamora y las puertas gótico mudéjar talladas por Fray Pedro de Valladolid.
Destaca el sepulcro del obispo de Mendoza del siglo XVI, la talla románica de Cristo crucificado, conocido como de Santa Tigridia, las pinturas murales góticas de Santa Mª Egipcíaca, las tablas góticas del primitivo retablo y bajo el crucero cabecera del siglo XV, la sillería gótica.
Un monasterio de la categoría del anteriormente reseñado debería guardar un tesoro artístico de la misma condición, y efectivamente así ocurre. El principal hito monumental de Oña es su iglesia abacial. Ésta constituye sin ningún género de dudas, la mayor sorpresa que el visitante se puede llevar en la provincia de Burgos, provincia y ade por si rica y densa en patrimnio cultura. Este desconocimiento previo, es uno de los mejores aliados para conseguir en el turista una exclamación de sorpresa y estupor que tardará tiempo en olvidar. La amplísima variedad de estilos artísticos aquí conservados (Románico, Gótico, Renacimiento, Barroco, Musulmán, Mudéjar, Egipcio y época romana), junto con la extensa nómina de objetos aquí contenidos (retablos, pinturas, rejas, vestidos, sillerías, sepulcros, esculturas, etc.), que en ocasiones son únicos, convierten a este monumento en una lección de Historia del Arte.
Comenzamos la visita por el pórtico, estructura arquitectónica románica del último cuarto del siglo XI, visible en sus impostas ajedrezadas y en su arco de medio punto trenzado. La bóveda está decorada confrescos hispano-flamencos, en los que el tema escogido son los ángeles con símbolos de la Pasión, realizados por Fray Alonso de Zamora (el Maestro de Oña) en la segunda mitad del siglo XV. Una puerta gótico-mudéjar de Fray Pedro de Valladolid, en nogal, roble y boj nos introduce en el interior de la iglesia.
Una vez dentro del templo impresionan sus proporciones: 83 metros de largo, 20 de anchura y 18 de altura. Mas parece una catedral que otra cosa. En el primer tramo cuatro retablos de los siglos XVII al XVIII: San Froilán, Santa Gertrudis, Santa Tigridia y San Benito. Les cierra una reja del siglo XVI.
En el muro de la epístola no sorprende un fresco de estilo gótico líneal datado en la primera mitad del siglo XIV y con un estado de conservación impecable, en él se narra la vida de San María Egipciaca. En el paramento opuesto el Cristo de Santa Tigridia, de transición al gótico y de finales del siglo XII.
Una vez llegados al crucero observamos las grandes dimensiones del órgano barrroco del año 1.786, y con más de 1.100 tubos, construido por el riojano Francisco Antonio de San Juan y recientemente restaurado. Es en los meses de julio y agosto cuando se organizan varios conciertos. El antiguo retablo de Santa Catalina, finales del XV, comparte capilla con unas tablas hispano flamencas de Juan Sánchez.
La capilla mayor es sin ningún género de dudas la joya o el tesoro que encierra este templo, nada en ellas es desdeñable. Su atrevida bóveda gótica, ideada por Juan de Colonia y plasmada por Francisco Díez de Presencio en 1.450 y con 400 metros cuadrados de superficie. Los Panteones Real y Condal, obra única dentro del arte funerario medieval europeo al estar construidos en nogal y boj. Se trata de una obra de gótico-mudéjar (1.480/95), tallada por los propio monjes de la abadía. Aquí es imposible describir con palabras la filigrana de talla y taracea de sus ochos ataúdes y de sus dos baldaquinos. Incluso viéndolos, uno no puede imaginarse el trabajo, la minuciosidad y la paciencia desplegada para elaborar semejante conjunto.
En los sepulcros descansan dos Condes de Castilla: don Sancho García, fundador de este monasterio y muerto en 1.017, y su hijo García Sánchez, asesinado en León en 1.029. El rey de Castilla don Sancho II el Fuerte, el rey del Cid Campeador asesinado en Zamora por Vellido Dolfos en 1.072. El rey de Navarra don Sancho el Mayor, muerto en 1.035; y su mujer la reina doña Mayor fallecida en 1.066. Los ínfantes Alfonso y Enirque, hijos de Sancho IV el Bravo; y don García, hijo de Alfonso VII el Emperador. Asimismo encuentra aquí reposo doña Urraca, esposa del conde fundador de la abadía.
Todo este conjunto funerario medieval se encuentra decorado por las que seguramente sean de las preimeras pinturas hispano-flamencas burgalesas que se hacen sobre sarga y no sobre tabla. El tema central es la Pasión de cristo, plasmada a través de seis escenas por el benedictino Fray Alonso de Zamora. El taller pictórico por él creado en la abadía en la segunda mitad del XVI, es junto con el de la Catedral de Burgos, el foco más activo de pintura de la provincia en esa época.
Por si esta obra de talla fuera poca, nos encontramos con una sillería gótica de nogal (año 1.475), de nada menos que 84 sitiales, ejecutada por naos benedictinas bjao la dirección de Fray Pedro de Valladolid, cuiya crestería calada más parece tejida que tallada.
La capilla mayor se ve presidida por un gran retablo barroco en forma de arco triunfal, y por la capilla de San Iñigo. En esta se guardan los restos del santo abad oniense en un arca de 1.597, cobijada por un tabernáculo del siglo XVIII.
Si lo que primero sorprendía al entrar en el edificio eran sus grandes proporciones, no lo son menos las de su sacristía, una construcción herreriana de finales del XVI convertida actualmente en museo. Destacan por encima de todo dos piezas textiles medievales: la mortaja del príncipe García, enterrado en el Panteón, elaborada en Almeria en el primer tercio del siglo XII; y la posible mortaja del Conde don Sancho García, tejido de la época califal datado entre los años 929 y 939, en seda, lino e hilo de oro. Su antigüedad las convierten en piezas de incalculable valor artístico.
Un magnífico bulto sepulcral de don Pedro López de Mendoza, esculpido en alabastro en 1.564; y tres vitrinas con arquetas musulmanas y piezas en orfebrería completan el museo.
A continuación la sala capitular transformada en museo románico. Restos del antiguo claustro románico del XII, y la arquería que decoraba el refectorio monacal (única en España), son los restos más destacados.
Por último el claustro gótico flamígero, obra de Simón de Colonia y construido entre 1.503 y 1.508. En uno de sus sepulcros, el del obispo don Pedro González Manso, año 1.534, se conserva una importantísima reja románica. Si algo destaca en este claustro es su profusa decoración, que se conserva intacta en varias de sus pandas.