Por escritura otorgada el 30 de junio de 1033 por el rey Sancho el Mayor de Pamplona y su esposa Mayor de Castilla, el
monasterio pasó a depender únicamente de los monjes cluniacenses. Es a partir de este momento cuando mayor desarrollo e influencia adquiere, y llegan a estar bajo su jurisdicción más de setenta
monasterios e
iglesias repartidos geográficamente por el norte de la provincia de
Burgos,
Cantabria y el
valle del Pisuerga palentino.