A partir de 1835 su
iglesia se convierte en
parroquia de la localidad y las dependencias monacales no volverán a ser restauradas y ocupadas hasta 1880 en que fueron adquiridas por los jesuitas, instaurando el
Colegio Máximo con las facultades de teología y filosofía de los jesuitas en
Oña que tenía la función de Colegio y Noviciado de la Compañía de Jesús, quienes permanecieron en ellas hasta 1967 en que proceden el 21 de diciembre a firmar su venta por 24 millones de pesetas a la Diputación Provincial de
Burgos, que convierte el complejo monástico en
hospital psiquiátrico y granja agrícola.