En 1880 la Compañía de Jesús adquiere el
monasterio, que había sido desamortizado, e instaura en él uno de sus noviciados, el llamado "
Colegio Máximo de
Oña" (en latín, Collegium Maximum Oniense), en el que instauran las facultades de Filosofía y Teología. El colegio estuvo en funcionamiento hasta el curso 1966-1967 cuando se traslada a la Universidad de Deusto en Bilbao (
Vizcaya).