En 1956 se trasladó la Facultad de Filosofía a Loyola y en 1967 se definitiva la traslación de la Facultad de Teología a la Universidad de Deusto, en Bilbao. El 21 de diciembre de 1967 los jesuitas venden por 24 millones de pesetas a la Diputación Provincial de
Burgos las instalaciones, que convierte el complejo monástico en
hospital psiquiátrico y granja agrícola.