Durante los siglos XII y XIII fueron contínuas las disputas entre el Abad de
Oña y el Obispado de
Burgos, disputas que obligaron a varios Papas a mediar. El fondo del enfrentamiento no fue otro que el destino de parte de los diezmos recaudados por el cenobio, y en los que el Obispado deseaba participar. Tras varios años y diversas bulas papales, al
monasterio oniense no le quedó más remedio que plegarse a tales exigencias y ceder pingües beneficios económicos, discurría el año 1.218, tres años después 1.221, el Obispado de Burgos comenzaba la construcción de la
Catedral.