Durante los siglos XVI al XVIII la abadía benedictina continuó detentando gran número de propiedades y conservando su poderío económico. En 1.544 sólo la Villa de
Oña arrojaba una renta de cerca de 100.000 maravedís. Medio siglo más tarde la renta total ascendía a 1.822.283 maravedís. El siglo XIX, como no iba a ser menos en nuestro caso, supuso el fin y la desaparición del
Monasterio de
San Salvador como centro monástico benedictino.