En 1.880 la Orden de San Ignacio de Loyola recala en el antiguo edificio monacal, convirtiéndole en Colegio Máximo y Universidad Pontificia. Exceptuando un paréntesis de siete años, 1.932/39, en que fueron obligados a abandonarlo, permanecieron aquí hasta que en 1.968 la Diputación Provincial de Burgos lo adquiere y lo convierte en un centro hospitalario, función que llega hasta nuestros días.