En 1.880 la Orden de
San Ignacio de Loyola recala en el antiguo
edificio monacal, convirtiéndole en
Colegio Máximo y Universidad Pontificia. Exceptuando un paréntesis de siete años, 1.932/39, en que fueron obligados a abandonarlo, permanecieron aquí hasta que en 1.968 la Diputación Provincial de
Burgos lo adquiere y lo convierte en un centro hospitalario, función que llega hasta nuestros días.