A orillas de un riachuelo, que lo divide en dos barrios, mayor y menor, afluente del río Ruyales, entre las cuencas de los ríos Hormazuelas y Úrbel, en un corto desvío de la carretera de Burgos a León a la derecha y en terreno desigual, está situado PALACIOS DE BENAVER a 20 Km de Burgos.
Se encuentra rodeado por Las Quintanillas de Burgos, Santa María Tajadura, Pedrosa de Río Úrbel, San Pedro Samuel, Villorejo, Cañizar de Argaño, Villanueva de Argaño e Isar.
Su nombre aparece escrito por primera vez el 6 septiembre de 1135: “Et in villa Palacios”, en un documento de la Iglesia de Valladolid en los siglos XI y XII y el 14 marzo de 1207, como Palacios de Benagel en la documentación de Alfonso VIII. Sus pobladores afirmaron en las respuestas generales del Catastro del Marqués de la Ensenada en 1752, que gozaba de la protección del rey, es decir, era lugar de realengo.
Su población ascendía a 224 personas en el año 1848, según consta en el Diccionario geográfico de Pascual Madoz. Había duplicado su población,
en línea con la inmensa mayoría de los pueblos de la provincia, hasta contar en 1900 con 458 habitantes. No le fue tan favorable la dura primera mitad del siglo XX y presentaba en 1950 un censo de 345 personas. Y los estragos de la emigración de la segunda mitad del siglo lo han dejado reducido a 106 habitantes en el año 2000.