El topónimo de Puentedey viene derivado de: "Puente de Dios" una obra divina en la naturaleza en este bello paraje de Burgos.
Con razón los primitivos pobladores ya hablaban de obra de dioses. Se trata de un puente natural excavado por el río en el curso más alto del Nela, muy cerca de su nacimiento, en Busnela, que busca alimento de otros arroyuelos para, inmediatamente, engordar al Ebro al que le espera un largo camino hasta el Mediterráneo.
La enorme peña horadada por la fuerza de las aguas es un prodigio de la naturaleza. Y es que, alguna fuerza telúrica socavó en la roca un paso natural por debajo del cual pasa con salero el Nela. Sobre el ‘puente de Dios’ vive el pueblo. Sus casas, alguna de ellas blasonadas, solariegas, con sus tradicionales balcones corridos, nacen de la misma roca. El misterio quedó también impreso en la portada de su iglesia en la que un guerrero lucha contra algo parecido a una serpiente. Una alusión a la derrota del diablo.