Quintanavides aparece citado por primera vez en 1033, como Quintana de Donbidas, con el significado evidente de la quintana (que haría referencia a una villa o caserío) de Don Vidas, nombre propio de persona. Perteneció al pequeño alfoz de Monasterio y posteriormente a la merindad de Bureba. Fue villa de realengo y tras la caída del Antiguo Régimen quedó constituido como Ayuntamiento.
En su término se han hallado los núcleos, hoy despoblados, de Bobadilla (junto al actual depósito de aguas) y San Andrés (en la divisoria con Santa Olalla de Bureba). En 1515 ya no aparecen como lugares poblados.