Los enormes roquedales de sus acantilados de las hoces del alto Ebro son un ecosistema perfecto para multitud de aves rupícolas como el águila imperial y perdicera, el buitre leonado, el búho real o el halcón peregrino. Sobre tierra firme encontramos mamíferos habituales en las zonas de montaña del norte de España, como el corzo, el tejón, el desmán de los Pirineos o la nutria. La cantidad de anfibios y reptiles que pueblan las Hoces del Alto Ebro y Rudrón también es destacable.