El monasterio de Santa María de Rioseco, se encuentra situado al comienzo del valle de Manzanedo, en una altura que domina al Ebro, junto a la carretera que asciende hasta San Martín del Rojo.
Estuvo habitado durante siglos por “monjes blancos” de la Orden del Císter, llamados así por su indumentaria, por contraposición a los monjes cluniacenses, conocidos como “monjes negros”.
Pero no siempre estuvo ubicado donde hoy lo contemplamos. Su primer establecimiento fue en Quintanajuar, entre Cernégula y Masa. En 1135, el rey Alfonso VII “el emperador” entregó el monasterio de Quintanajuar al monje Cristóbal, sobre el que los estudiosos no se ponen de acuerdo en si era ya un “monje blanco”.
El rey Alfonso VIII deseaba pacificar la frontera de Castilla con Navarra, por eso les ofrece donaciones a los monjes de Quintanajuar si se trasladan a San Cipriano Montes de Oca en La Rioja, lugar al que se van en 1184. Pero en Montes de Oca no les gusta vivir, motivo por el que en los años siguientes fueron adquiriendo -bien mediante donaciones o mediante compras- terrenos en el Valle de Manzanedo. Por ello en 1204, los monjes se mudan a Rioseco, sin comunicárselo al Capítulo General de la Orden y con el desagrado del rey. Por esta decisión el abad fue destituido.
Pero no se ubicaron en su actual localización, puesto que ese terreno era de los Velasco, señores de Medina de Pomar, sino junto a un arroyo que nace en Fuente Humorera y vierte sus aguas en el Ebro.
Con la compra del terreno a los Velasco, la disculpa de una inundación que “destruyó” el monasterio primitivo y el beneplácito, esta vez, del Capítulo General, se trasladaron en 1236 definitivamente al que sería su último y definitivo emplazamiento.