Con posterioridad, pese a los intentos de volver a la vida, durante el Trienio Liberal (1820-1823) el
monasterio vuelve a ser tomado y sus bienes subastados, recibiendo la puntilla definitiva a raíz de la promulgación de las leyes desamortizadoras de Mendizábal en 1836. Desde entonces, el vetusto Monasterio de
Rioseco pasó a la
familia Arquiaga, siendo poco después donado por sus descendientes a la Archidiócesis de
Burgos, quedando desde entonces en el más absoluto olvido y abandono, objeto de expolio y utilizado incluso como cantera tanto para viviendas de la zona como, incluso, para alguna represa del Ebro en sus inmediaciones.
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