La segunda etapa vendría a datarse en el siglo XVI, cuando se reconstruye la sala capitular y son licitadas las obras del nuevo
claustro; el cual sería culminado como atestigua una inscripción ya en la tercera fase constructiva del cenobio, correspondiente al siglo XVII y en la que además son levantadas el resto de estancias claustrales amén de ser acometidas ciertas reformas sobre todo de carácter decorativo en la
iglesia.