En el muro oriental del ábside, zona de mayor antigüedad del conjunto, abrían tres elegantes ventanales apuntados y geminados semicegados en la actualidad. Las capillas que conforman el crucero se dedicaban a Santiago la del lado de la epístola (en la que además se encontraban los enterramientos de la familia Fernández de la Isla), mientras que la del lado del evangelio era conocida como capilla del Cristo o de las Reliquias.