Su remodelación fue autorizada y encargada al arquitecto cántabro Juan de Naveda en 1595, prolongándose los trabajos hasta 1637, fecha esta grabada en uno de los sillares y que, muy probablemente, podría indicarnos su año de finalización. De este nuevo
claustro herreriano, dividido en dos pisos y configurado a base de
arcos de medio punto sobre pilastras de gran clasicismo, se conservan en relativo buen estado las arcadas de las crujías norte y oeste, habiéndose perdido la mitad de la galería oriental y la meridional en su totalidad.