San Martín de Ubierna es una localidad y una Entidad Local Menor dependiente del ayuntamiento de Merindad de Río Ubierna, situada al norte de la capital burgalesa, en el extremo noroccidental del valle del Ubierna, a la salida del desfiladero del río Ubierna y la confluencia con el arroyo de Rucios, en la comarca de Alfoz de Burgos.
Aparece como primera referencia escrita en el año de 1103, Sancti Martini de Ovirna, en la documentación del Obispado de Burgos.
Barrio de Ubierna, en la Jurisdicción de Río Ubierna en el Partido de Burgos, uno de los catorce que formaban la Intendencia de Burgos. Figura como jurisdicción de realengo con alcalde pedáneo.
Fue una importante vía de comunicación con el norte, por su alto valor estratégico y prosperidad económica, lo cual supuso un incentivo para el establecimiento desde antiguo de núcleos de población. Pero debido a la creciente despoblación que azotó a la provincia de Burgos en la década de los sesenta, este barrio o pueblo, perdió casi toda su población, recuperándola en los últimos años, prosperando y dando vida a este enclave.
En la actualidad pertenece como barrio al pueblo y Junta Administrativa de Ubierna.
Su iglesia renacentista está dedicada a San Martín y data del siglo XVII. Tiene una sola nave de planta rectangular, con sacristía y capillas en los laterales, pórtico con arco de medio punto y espadaña a los pies de la nave con frontón del siglo XVIII.
Para los amantes del senderismo existe la ruta del desfiladero de San Martín de Ubierna, que discurre entre agrestes parajes de gran belleza