Apenas iniciado el valle de Losa, dejado el sugerente desfiladero que forma el río Gerea, en la carretera que lleva de Trespaderne a Bilbao por la peña de Angulo, en el valle, ya más ancho que forma el río y junto a un enorme peñasco en forma de barco, en terreno desigual, está situado SAN PANTALEÓN DE LOSA, a 30 km de Villarcayo y 99 de Burgos.
Son sus vecinos Quintanilla la Ojada, Apenas iniciado el el límite con la provincia de Álava, Río de Losa y Castriciones. Su nombre no aparece escrito hasta el año 1352 en el censo-pesquisa que el rey Pedro I manda a hacer en toda Castilla, que más tarde dio origen al llamado Libro de las Behetrías.
Y era lugar de realengo, según declararon en 1752 sus pobladores en las respuestas generales del Catastro del Marqués de la Ensenada.
En el año 1848 figura con 52 habitantes en el Diccionario geográfico de Pascual Madoz y, siguiendo la tónica de la inmensa mayoría de los pueblos de la provincia, creció a lo largo de la segunda mitad del siglo XIX hasta llegar a 107 personas en el año 1900, cifra que mantuvo en la dura primera mitad del siglo XX, presentando en 1950 un censo de 110 habitantes. Sin embargo, termina el siglo con 25 personas en el año 2000, efecto de la pertinaz emigración de la segunda mitaz

En lo alto del peñasco en forma de barco está situada una ermita, que antes fue parroquia, porque hay indicios de que también el pueblo estuvo antes allí, dedicada a San Pantaleón, mártir. Es románica –una joya del románico burgalés– a la que en el siglo XVI se le añadió una nave gótica. Su ábside, ventanales y espadaña chata ofrecen un muy interesante conjunto románico consagrado como parroquia el 27 febrero de 1207 por el obispo de Burgos don García Martínez de Contreras, según lápida en muro interior. A su alrededor hay una necrópolis. Formaba parte de un antiguo monasterio dedicado a San Pantaleón y ha sido recientemente restaurada. Es B. I. C. desde 1944