Panteón real
En el lateral derecho de la iglesia gótica, se abre una capilla barroca que data de 1753 a la que fueron trasladados los restos del Cid Campeador y su esposa Jimena. En las paredes de esta estancia llamada «Capilla de los Héroes», hay 29 nichos con inscripciones de nombres de reyes y familiares del Cid. Conocido popularmente como «El Escorial burgalés»9​ fue reedificado por el conde de Castilla García Fernández el de las Manos Blancas, que allí recibió sepultura. Según la tradición, continúan allí los restos de los Jueces de Castilla (aunque históricamente no existieron); los hijos de Jimena Díaz y El Cid María Rodríguez, Cristina y Diego, muerto a temprana edad en Consuegra (Toledo); Ramiro Sánchez de Pamplona, señor de Monzón (marido de Cristina Rodríguez, hija de El Cid) o Ramiro de León, hijo de Alfonso I el Magno de Asturias.