A una docena de kilómetros de la ciudad de Burgos se encuentra este monasterio de orígenes legendarios que fue restaurado en la época altomedieval, en concreto en el año 899. Al poco tiempo y favorecido por los primeros condes castellanos se convirtió en un influyente centro religioso y de poder señorial muy vinculado a la figura del Cid Campeador. Aunque la mayor parte de la abadía fue reformada a partir de mediados del siglo XV, todavía conserva algunos e importantes restos románicos, como la torre de la iglesia.
El primer monasterio altomedieval, que parece que contó con una notable iglesia prerrománica construida entre finales del siglo X y principios de la siguiente centuria, se pasó a uno plenamente románico que a su vez fue reemplazado a partir de mediados del siglo XV por construcciones góticas, renacentistas, barrocas y neoclásicas.
Estas transformaciones relegaron las obras arquitectónicas medievales a los elementos conservados en el claustro de los Mártires y en la torre de la iglesia. De diferentes estudios se deduce que los cuatro cuerpos inferiores de la torre de planta cuadrada son contemporáneos a la iglesia prerrománica y que el quinto nivel fue añadido durante la segunda mitad del siglo XII. Los seis niveles de la torre, que parece que en origen fue exenta, cuentan con seis cuerpos de ventanas que de abajo arriba denotan la evolución estilística desde el prerrománico hasta el románico pleno. El último cuerpo, que eleva la altura del torreón a los 27 metros, se levantó a la vez que la iglesia gótica.