En el estrecho valle que forma el río Ruyales, afluente del Hormazuelas, cortando el páramo, en una carretera interior, que une Pedrosa de Río Úrbel con Avellanosa del Páramo, en terreno llano, encontramos a SAN PEDRO SAMUEL, a 23 km de Burgos.
Forman corona a su alrededor Palacios de Benaver en la lejanía, Pedrosa de Río Úrbel, Lodoso, Zumel, Avellanosa del Páramo, Susinos del Páramo, Manciles y Villorejo.
El 6 septiembre de 1135 aparece su nombre escrito en la documentación de la iglesia de Valladolid: “in Villa Santi Petri de Samuel”.
Era lugar de realengo, pues gozaba de la protección del rey, al que pagaban tributos, según declararon sus pobladores en las respuestas generales del Catastro del Marqués de la Ensenada en 1752.
Su población ascendía a 124 personas en el año 1848, según hace constar Pascual Madoz en su Diccionario geográfico. Como la inmensa mayoría de los pueblos de la provincia, creció a la largo de la segunda mitad del siglo XIX hasta llegar a 170 habitantes en el año 1900. Comenzó, sin embargo, su descenso en la dura primera mitad del siglo XX bajando a 157 personas en el año 1950. Y termina el siglo con 70 habitantes en el año 2000.