San Pelayo también conocida como San Pelayo de Ayega es una pequeña localidad en el valle de Ayega, en el extremo nordeste del valle de Mena, al norte de la provincia de Burgos, muy cerca del País Vasco, a orillas del rio Ayega, en la comarca de Las Merindades.
Parece ser que en el siglo X se edificó un monasterio que, al igual que pasó en otras zonas del valle, iba pasando de manos laicas a religiosas.
El caserío de San Pelayo se encuentra al fondo de una extensa pradera muy verde que atraviesa la carretera a Orrantia. Apenas un grupo de casas en las que sin embargo encontramos alguna de gran porte. Al fondo como lleva desde hace cientos de años se alza la poderosa torre-palacio de San Pelayo. Edificio de sillares de piedra, macizo, edificado en el siglo XIII por Juan López de Salazar, y ahora alberga una vivienda con su explotación ganadera.
Su hermosa y modesta iglesia dedicada a San Pelayo, de estilo románico, se edificó entre los siglos XI y XII sobre los restos de un monasterio del siglo X vinculado al de Bujedo. El templo tiene una sola nave y conserva en la portada los elementos esenciales del románico rural. El tímpano de talla muy basta que muestra a varios personajes, uno sometiendo a un león y cuatro figuras en el centro, encima de ellos se disponen siete angelotes. Con ábside románico con una ventana central, decorada con ajedrezado y elementos vegetales y animales en sus capiteles. Canecillos en su mayoría con decoración de animales. En los siglos XVII-XVIII se le añadieron la sacristía, la espadaña y el pórtico.
El éxodo rural se ha cebado en San Pelayo. Con la emigración abandonaron sus fincas de patatas o legumbres y plantaron pinos. Ahora prosperan las explotaciones ganaderas.
Contrasta con el silencio del pueblo, el saltarín y crecido el río Ayega, donde la naturaleza avanza con fuerza.