En la vega del río Arlanza, pasado Lerma, cercano a él, a la vía del ferrocarril “Directo Madrid – Burgos” y a la carretera que lleva de Lerma a Quintana del Puente,-ya en la Burgos Valladolid–, a la que le une por la derecha un corto ramal de carretera, en terreno desigual, está situado SANTA CECILIA, a 5 km de Lerma y 43 de Burgos.
Forman corona a su alrededor Ruyales del Agua, Lerma, Villalmanzo, Villamayor de los Montes, Zael y Tordómar.
En abril de 1214 aparece su nombre escrito en la documentación del Monasterio de Nuestra Señora de la Vid y, según declararon sus pobladores en las
respuestas generales del Catastro del Marqués de la Ensenada en 1752, gozaba de la protección del rey, al que pagaba tributos, es decir, era lugar de realengo.
Según escribe Pascual Madoz en su Diccionario geográfico, habitaban el lugar 161 personas en el año 1848. La bonanza poblacional de la segunda mitad del siglo le hizo crecer, como a la inmensa mayoría de los pueblos de la provincia, hasta llegar a 287 habitantes en 1900. Mantuvo muy bien su población en la dura primera mitad del siglo XX y presentaba en 1950 un censo de 273 personas. Y después de aguantar los embates de la persistente emigración, termina el siglo con 116 habitantes en el año 2000.