En las estribaciones de la sierra de Mencilla, en su vertiente occidental, cercano al río de Santa María y junto al nacimiento de una gran fuente, en una carretera que, partiendo de la de Burgos a Logroño antes de llegar a Ibeas a la derecha, recorre toda la zona norte de Juarros, en terreno levemente desigual, está situado SANTA CRUZ DE JUARROS, a 28 km de Burgos.
Siente el calor y la compañía de Cabañas y Matalindo, Urrez, San Adrián de Juarros, Cueva de Juarros, y el Monasterio de Santa María de Bujedo.
Ya encontramos su nombre escrito el 1 de mayo de 1074 en la documentación del monasterio de San Pedro de Cardeña y, según declaraciones de sus pobladores en las respuestas generales del Catastro del Marqués de la Ensenada de 1752, era lugar de realengo, es decir, gozaba de la protección del rey, al que
pagaba tributos.
En el año 1848, según hace constar Pascual Madoz en su Diccionario geográfico, contaba con 366 habitantes. Apenas creció, al revés que la inmensa mayoría de los pueblos de la provincia, en la segunda mitad del siglo XIX y presentaba en 1900 un censo de 373 personas. Le fue mejor la primera mitad del siglo XX y llegó a 405 personas en el año 1950. La fiebre migratoria de la segunda mitad del siglo lo ha dejado reducido a 45 habitantes en el año 2000