En el área de influencia del rio Pisuerga –zona de Melgar de Fernamental–, en una carretera interior que parte de la que, remontando el curso
del río por su margen izquierdo, une Melgar con Herrera de Pisuerga, en terreno llano, se halla situado SANTA MARÍA ANA NÚÑEZ, a 19 km de Villadiego y 53 de Burgos.
Le prestan límites y compañía Padilla de Arriba, Villamayor de Treviño, Tagarrosa y Valtierra de Pisuerga.
El padre Enrique Flórez sitúa la aparición de su nombre escrito hacia 1250 en su magna obra “España Sagrada”, como “Sancta María de Hanna Nunnez”, entre los pueblos que contribuían a la mitra burgalesa; y, según declaración de sus pobladores en las respuestas generales del Catastro del Marqués de Ensenada en 1752 pertenecía al señorío del duque de Frías.
Sus habitantes sumaban 17 en el año 1848, según aparece en el Diccionario geográfico de Pascual Madoz. Creció, como la inmensa mayoría de los pueblos de la provincia, a lo largo de la segunda mitad del siglo XIX y contaba con 78 personas en el año 1900. Descendió notablemente en la dura primera mitad del siglo XX y presentaba en 1950 un censo de 41 personas. Y la inexorable emigración de la segunda mitad del siglo lo ha dejado reducido a 25 habitantes en el año 2000.