Santillán estuvo rodeada de monasterios en la edad media. Es probable que esto fuese su orígen.

Aparece Santillán en un escrito medieval: In alfoze de Lerma medietatem ville que dicitur San Julianini (Obipado, III). en el año 1075, lo cual nos revela que ya en el año 1075 existía con el nombre de San Julián = San tillán.

Los lugareños nos comentan que de siempre fue parada de postas.
Cuando los serranos llegaban a Lerma, paraban siempre aquí, y se organizaban.

Dicen también, que antes se llamaba La Aguilera, y que estaba un poco más abajo.
Que el nombre de Santillán le vino dado porque había un bandolero que operaba por la comarca, y no se le podía capturar, pero enviaron a un capitán que logró cogerles en este pueblo, por lo que le cambiaron el nombre de La Aguilera, por Santillán, que era el nombre del capitán.

En las tierras que rodean la localidad, aparecen muchos esqueletos (hace 20 años aparecían cabezas solas con pelo, y en otro lugar los cuerpos). También apareció un esqueleto enterrado de pie.
Las rejas de los arados sacan piedras y restos de casas. Son curiosas unas bolas pétreas de 30 centímetros de diámetro. Es muy probable que perteneciesen a una de las múltiples ermitas que el Duque de Lerma levantó en las orillas del Arlanza.

La iglesia tiene una campana capaz de convertir el granizo en agua.

Santillán es pedanía de Lerma. De siempre, Lerma ha debído dinero a Santillán. (dicho popular)

Santillán, cuatro casas y un corral. Eso decían antes de esta localidad, y los críos de Santillán respondían: En el corral hay un perro lanudo, le levantas el rabo y le chupas el culo.

Hace unos años, llegó un italiano a la localidad, alegrándose mucho, pues decía que llevaba muchos años buscando Santillán, pues sus descendientes provenían de aquí. Dió 1.000 pesetas a las mujeres para que pusiesen flores a San Julián.

Todo el pueblo cree que San Julián les protege. Nunca nadie del pueblo se ha ahogado en el río, ni ha sufrido mal en la carretera.