Otro de los lugares que podemos visitar dentro del monasterio es la Botica de Silos. Los monjes, como creadores de cultura y servidores de sus hermanos los hombres, gestionaron en la Edad Media un hospital y una leprosería. De esta forma se familiarizaron con la botánica. De esta actividad aun se conserva una farmacia de principios del siglo XVIII (1705). Se componía del jardín botánico especializado, el laboratorio bioquímico, la biblioteca y el botamen.
Al visitarla, se puede admirar: la biblioteca, con cerca de 400 volúmenes, algunos del siglo XVI y más de los siglos XVII-XIX. Destaca un magnífico DIOSCÓRIDES (1525), con excelentes dibujos de animales y plantas, el cual en Silos no era solamente una joya bibliográfica, sino que tenía una dimensión práctica porque juntamente con otros libros, se convertía en necesaria consulta de los boticarios del monasterio, o de los confeccionadores de licores de hierbas. El botamen, con cerca de 400 jarros, todos ellos de loza, hechos expresamente para la botica de Silos, con el escudo del monasterio. La sala donde se expone al público es de la época, pero no el emplazamiento original de la botica.
El visitante puede admirar también la conservación de los anaqueles, con sus maravillosos tarros para las pócimas y remedios; así como los hornos, retortas, alambiques y demás instrumentos de cocimiento y alquitaramiento de sustancias, con su aire entre fáustico o alquímico y de inicios científicos, que guarda este viejo recinto de oración y trabajo, de memoria histórica y cultura de siglos.
La vida del monje quiere ser precisamente eso, una plasmación de la fraternidad universal. Venidos de diferentes lugares, edades y condiciones sociales, queremos formar una verdadera familia que reza y trabaja en unidad, llevando en nuestro corazón las angustias, los anhelos y las esperanzas de todos los hombres. El monje es aquel que separado de todos está unido a todos, decía ya en el siglo IV Evagrio Póntico.
El monasterio debe la recuperación de una gran parte de su antigua botica al dignísimo y elevado gesto de D. Juan de Aguirre y Achútegui, quien la compró a D. Octavio Castrillo en 1927 y la regaló a la Abadía cuando todo estaba ultimado ya para ser vendida y trasladada al extranjero.
Entre los años 1957 y 1967, el monasterio recuperó tres lotes de anaqueles, tarros y cajonería, hasta integrar la totalidad del conjunto que se aprecia en la actualidad.