Y finalmente visitamos el Museo del Monasterio. En una sala medieval, se exponen hoy las piezas principales que se salvaron del naufragio de la desamortización (1835-1880): esculturas mozárabes y románicas, testimonios arqueológicos de la primera vida monástica de Silos, pinturas anónimas sobre madera, varias piezas de orfebrería, esmaltes del antiguo y actual taller del monasterio y otras piezas de gran valor artístico e histórico, como el tímpano de una de las puertas de la iglesia destruida de Silos. La visita detenida del museo completa la del claustro y permite hacerse una idea de lo que fue y es el monasterio en su arte. Conozcamos algunas de las joyas de este museo:

CUSTODIA PROCESIONAL (S. XVI). Este magnífico ejemplar pertenece a la serie de custodias procesionales españolas. El año de su factura, 1526, consta en las cartelas de varias columnas. Tiene forma de templete hexagonal que descansa sobre un pedestal añadido en el siglo XVIII.

CÁLIZ DE SANTO DOMINGO DE SILOS (S. XI). Realizado en plata dorada, está formado por dos medias esferas -una correspondiente a la copa y otra a la base-, simétricas y unidas por una caña a la que corta un nudo, también esférico. La decoración en ambas semiesferas, está compuesta por columnas que soportan arcos de herradura formando arquerías. Todos los elementos decorativos, incluidas también las cenefas y bandas, están realizados en filigrana a base de cordones que conforman espirales, nudos de salomón, dobles eses y otros sencillos motivos ornamentales que rellenan los espacios. El cáliz debió ser ejecutado en el tercer cuarto del siglo XI por iniciativa del propio Santo Domingo que hizo grabar en la base la siguiente inscripción: IN NOMINE DOMINI OB HONOREM SCI SABASTIANI DOMINICO ABBAS FECIT. Esta obra pudo ser realizada en el taller monástico de orfebrería que ya funcionaba en Silos en el segundo tercio del siglo XI y más concretamente entre 1041 y 1050, durante el abaciato del propio Santo Domingo.

TÍMPANO ROMÁNICO (S. XII). Fue descubierto en 1964 formando parte de la cimentación de la iglesia actual que proyectara Ventura Rodríguez a mediados del siglo XVIII. Procede de una de las puertas de la iglesia románica desaparecida al construir la neoclásica. Como escultura se sitúa en fecha próxima al año 1200. Estilísticamente guarda relación con el maestro del bajorrelieve de la Anunciación y el capitel de la Infancia de Jesús, en la galería occidental del claustro, al que complementa iconográficamente. En el tímpano tenemos el Nacimiento, Presentación y Adoración de los Reyes, mientras que en el capitel se representa la Anunciación, Visitación, Aparición a José y los pastores, Nacimiento y la Huida a Egipto. El orden de los temas tiene una referencia de tipo iconográfico, tampoco a un orden histórico. María y el anciano Simeón se prestan de maravilla a encajarlos, de pie, en la parte más alta del medio punto. El despiece corresponde aproximadamente al radial de las dovelas de un arco. El estado de mutilación se debe a la necesidad de quitar los puntos más salientes de las esculturas para colocar cómodamente las piedras, unas sobre otras, al ser reutilizadas. La altura es de 1,44 y la anchura de 2,93 m, aproximadamente.

ARQUETA RELICARIO (SS. XII-XIII). Rectangular con cubierta a dos vertientes, coronada por una crestería de motivos calados con arcos de herradura, que alterna placas esmaltadas y alvéolos para cabujones, probablemente de cristal de roca, actualmente desaparecidos. La arqueta se sustenta sobre cuatro soportes prismáticos de base cuadrada decorados con motivos vegetales.

Otras piezas que el visitante puede admirar son:

La CRUZ GEMADA (S. XIII), donación del rey Alfonso VIII, hecha en bronce y filigrana.

La IMAGEN DE SANTA ANA, LA VIRGEN Y EL NIÑO (S. XIV), hecha en piedra policromada.

La CABEZA ROMANA (SS. III-IV), que representa una cabeza femenina realizada en bronce, procedente con toda probabilidad de la ciudad romana de CLUNIA SULPICIA, donde el monasterio tenía posesiones y hasta un priorato ya a mediados del siglo XI.

La PALOMA EUCARÍSTICA (SS. XII o XIII), de plata dorada y fundida en una sola pieza. Las plumas están grabadas a buril con elegante simetría.

La PATENA MINISTERIAL, que mide 31cm de diámetro y tiene incrustaciones de piedras preciosas. Entre las piedras hay que destacar las grabadas, en especial las dos mayores: el camafeo romano de la época del Imperio con una impresionante talla de cabeza femenina, y la que lleva la siguiente inscripción latina con caracteres griegos: salbo kommodo felix fausteina.

Por último, el BÁCULO ABACIAL (S. XII), de cobre dorado, tallado y esmaltado, con anillos de plata. La voluta con escamas grabadas termina en cabeza de dragón. Cuatro hojas abiertas separan la espiral del nudo decorado con roleos y cuatro pájaros esmaltados. Se encontró en el año 1960 entre los restos del abad Juan II, muerto en 1198. Su hallazgo constituye un dato más para completar la argumentación iniciada, hacia los años treinta, por el profesor Hildburg en pro de una escuela o taller de esmaltería en el Monasterio de Silos durante la Baja Edad Media y a la que tantos se han adherido, con valentía y entusiasmo unos, temerosamente otros.