Otro de los monumentos que vamos a visitar en nuestro recorrido por esta villa medieval es el Convento de San Francisco. El Convento está situado extramuros al oeste de la Villa en el llamado “pago de Santa María del Paraíso”, dónde en la Edad Media existió una ermita dedicada a la Virgen bajo dicha advocación. Fue fundado, probablemente, en 1301 durante el pontificado de Bonifacio VIII, siendo obispo de Burgos D. Pedro Gutiérrez de Queixada y abad de Santo Domingo, Don Juan III.
La comunidad franciscana que formaba parte de la Santa Provincia de la Inmaculada Concepción, la constituían entre veinte y treinta frailes que permanecieron en el convento hasta la exclaustración de 1835. Su actividad principal era la práctica pastoral en las localidades del entorno.
El primitivo convento, del que apenas quedan vestigios y que estaría caracterizado por la sencillez de las primeras construcciones franciscanas, fue reemplazado en el siglo XVIII por una nueva construcción dentro del espíritu clasicista. Aparte del claustro, con arcos de medio punto separados por pilastras clásicas, el espacio más notable era la iglesia de una sola nave con crucero ligeramente insinuado. La portada, bastante bien conservada responde plenamente al gusto barroco. Fue edificada por D. Francisco de Villalobos, canónigo capiscol de la Catedral de Osma. El templo gozó de gran devoción en la comarca por conservar entre otras famosas reliquias una parte del hábito de San Francisco.
Tras la desamortización pasó a manos privadas hasta que en 1890 sus ruinas fueron adquiridas por la Comunidad Benedictina del Real Monasterio de Santo Domingo de Silos. Desde el abandono de los franciscanos hasta 1990 la fábrica del convento se utilizó como cantera de material de construcción para numerosas obras, como los dos puentes que conducen a la Yecla o incluso para reparar el ángulo noroeste del propio monasterio benedictino.
En 1990 la Comunidad Benedictina, con la colaboración de la Asociación Amigos de Silos y la financiación, en su mayor parte, del INEM comenzó las obras de restauración de acuerdo al proyecto redactado por el arquitecto D. José María Pérez González y constituyendo para ello una Escuela-Taller. Las obras se interrumpieron en 1996 una vez finalizada la restauración de la iglesia.
A partir de 2006, la Fundación Silos asumió la restauración total del convento, así como su rehabilitación y equipamiento. La inauguración y apertura al público de sus instalaciones tuvo lugar el día 7 de noviembre de 2009.