Por sus tierras pasa una antigua calzada romana proveniente del área burebana de la que aún se conservan algunas desgastadas piedras, y desde el siglo XIII se elaboraban lanas, linos y papeles aprovechando las caídas del río Molinar (parece que de este hecho proviene su nombre).

Muchos siglos más adelante, el Censo de Floridablanca de 1787 considera a Tobera barrio de la ciudad de Frías, con jurisdicción de señorío ejercida por el Duque de Frías. Cuando desaparece el Antiguo Régimen queda incluido en el ayuntamiento constitucional de Frías, en el partido de Briviesca...