El pueblo de Cillaperlata se en encuentra situado al Norte de la provincia de Burgos, a 80 kilómetros de su capital. Aislado de la Bureba por la Sierra de la Llana, su comunicación con esta comarca se realiza a través del desfiladero de La Horadada, por este lugar la carretera discurre junto al río Ebro que después de bañar con sus aguas al pueblo se adentra en el Valle de Tobalina por Quintana María y Frías encauzando sus aguas para desembocar en el Embalse de Sobrón. Siguiendo por este desfiladero nos acercamos hasta Oña, y desde aquí podemos acceder a Burgos por Briviesca.
A 5 kilómetros de Cillaperlata se encuentra la localidad de Trespaderne, por donde pasa la carretera proveniente de Oña y que continúa hacia Medina de Pomar y Villarcayo.
Desde esta carretera y en el centro de Trespaderne arrancan otras dos, la primera se dirige hacia el Valle de Losa y continuando por ella a traves de La Peña Angulo podemos acceder a Bilbao. La segunda carretera se dirige a Miranda de Ebro atravesando el Valle de Tobalina y discurre en todo su trayecto junto al río Ebro.