Tubilla del Lago es uno de los más antiguos
pueblos de la comarca. El historiador y sabio benedictino P. Serrano cita a Tubilla del Lago entre los pueblos fortificados en el siglo X. En el siglo IX se funda el
pueblo de Tubilla del Lago, y ya en el siglo X tiene
Castillo y Fortificación.
En el año 912 población de Frolilla, en el alfoz de Clunia, luego en la merindad de
Santo Domingo de Silos
Documentalmente citada por primera vez en 1048, anexión al
convento de religiosas de la
Santa Cruz de
Baños de Valdearados, por voluntad de Fernando Sánchez y de su esposa. El 1 de enero de 1188 vuelve a citarse en el
monasterio de La Vid.
En los tiempos modernos, Censo de Vecindarios de la Corona de Castilla realizado en 15912 se denominada Touilla de Lago, pertenecía al Partido de los Arauces, incluida en la provincia de
Burgos. El partido contaba con 876 vecinos pecheros.
Entra en el señorío de los Alcocer, un linaje castellano-navarro procedente de los
Montes de Oca, constando como villa perteneciente a la Jurisdicción de Los Arauzos, de señorío, en el partido de Aranda de Duero, 3 con Alcalde Ordinario de Señorío nombrado por Don Joseph Alcocer.