En una depresión de la planicie que separa las vegas de los ríos Odra y Arlanzón, en una carretera que une Castrojeriz con Los Balbases y la carretera de Valladolid, en terreno desigual, hallamos a VALLUNQUERA, a 7 kilómetros de Castrojeriz y 45 de Burgos.
Siente el calor y la compañía de Los Balbases, Villaquirán de la Puebla, Castrojeriz, Hinestrosa, Pedrosa del Príncipe, Valbonilla y Vallejera.
En los fueros burgaleses del siglo XII aparece por primera vez su nombre, como “Valunquera” y sus pobladores declararon en 1752 en las respuestas generales del Catastro del Marqués de la Ensenada que pertenecían al señorío del conde de Castro.
En el año 1848 figuraba como una granja de Castrojeriz en el Diccionario geográfico de Pascual Madoz que no le asigna número de habitantes.
En el año 1900, sin embargo, lo encontramos con 174 personas. Se mantuvo a buen nivel poblacional en la difícil primera mitad del siglo XX y presentaba en 1950 un censo de 150 habitantes. Y, al terminar el siglo, en 1995, poblaban el lugar 59 personas209, aunque aparece en la Guía diocesana de 2000 con 100 habitantes

El origen de la población es medieval, y su nacimiento sería producto de la actividad repobladora llevada a cabo por el conde castellano Munio Núñez en el siglo IX. En 1102 el rey Alfonso VI concede fuero a la localidad.