La documentación se conservó en la sede original del Monasterio en el pueblo de Vileña hasta el Sexenio Revolucioario. Con la Desamortización de Ruiz Zorrilla de 1869, al igual que ocurrió con otros bienes del Monasterio como la sillería del Coro, se supone que esta documentación fue trasladada a Burgos en concepto de Bienes Nacionales. De acuerdo con esa condición, ingresó en la Biblioteca Pública en algún momento que no hemos podido determinar. Muy posiblemente formaría parte del Archivo de Castilla, creado a partir de los años 70 del siglo pasado con fondos de Desamortización y del que sólo tenemos algunas noticias dispersas facilitadas, sobre todo por Martínez Añibarro. Por el tipo de documentación y la época predominantes también podemos suponer que sería parte de la inmensa masa documental que se conservaba todavía en Burgos en los últimos años del siglo XIX y que fue trasladada al Archivo Histórico Nacional por D. Vicente Vignau, su Director, para incrementar la sección de Clero de ese Centro. Prueba de ello puede ser el hecho de que la documentación ahora conservada en el Archivo Histórico Provincial es de época moderna y mayoritariamente económica. Por el contrario, el Archivo Histórico Nacional conserva documentación medieva. Es lógico pensar que, de acuerdo con las corrientes de su época, Vignau seleccionaría aquellos documentos que consideraba más interesantes y dejaría en Burgos el resto, que es lo que ha llegado hasta nosotros.

Sea como fuere, la documentación se ha guardado en los últimos años en la Biblioteca Pública de Burgos hasta que, entre 1992 y 1993, fue transferida al Archivo Histórico Provincial para facilitar su descripción y acercarla a los usuarios potenciales.

Historia Institucional/Reseña Biográfica: El Monasterio de Santa María la Real de Vileña fue fundado por la reina Dª urraca, hija de D. Lope Díaz de Haro, Señor de Vizcaya y viuda de Fernando II en tornom al año 1200. El primer documento en el que consta su existenciadata de 1207 pero se sabe que desde 1182 la reina está consolidando el que será patrimonio del Monasterio. Tras una activa vida política la reina Urraca se retirará al Monasterio los últimos años de su vida. En 1222, poco antes de la muerte de su fundadora, se incorpora al Císter y se somete al Monasterio de las Huelgas.
Se ha comentado que se creo con el fin de acoger en su Comunidad a las monjas que ya no podían ingresar en las Huelgas. Así, mientras este gran Monasterio quedaba para las hijas de la más alta nobleza, la nueva fundación de Vileña serviría para acoger las profesiones de la baja nobleza. En todo caso, como apunta Cadiñanos, hay que encuadrar esta fundación "dentro del movimiento general de renovación monacal durante el reinado de Alfonso VIII, del que existen numerosos ejemplos en nuestra provincia. Las bases de Vileña se ponen también durante ese reinado. El hecho de que desde fines del siglo XIU la Casa de Haro sustituya a la de Lara en la tenencia de la Bureba, podría considerarse decisivo. Y más, si tenemos en cuenta que el hermano de Dª Urraca gozó de la tenencia, precisamente, durante los primeros años de la fundación" (CADIÑANOS: El Monasterio de Santa María, p. 17).

Su patrimonio se formó fundamentalmente entre los siglos XIII y XIV por el amparo que le prestó la familia de la Fundadora primero y después la pequeña nobleza del Reino. A pesar de distintos conflictos con otros señores laicos y eclesiásticos, en la Edad Media se consolida un patrimonio que en la comarca de la Bureba sólo es superado por el Monasterio benedictino de San Salvador de Oña.

Con la revolución de 1868 se suprimió el Monasterio y se obligó a la Comunidad a incorporarse a las Huelgas. Pocos años después, en 1872 se permitió su vuelta a Vileña. En 1874 terminó la incorporación a las Huegas y pasó a depender de la Jurisdicción del Obispo de Burgos por una bula de Pío IX.

El edificio del Monasterio fue ocupado sin interrupción por la Comunidad hasta mayo de 1974. En ese momento, un voraz incendio destruyó todo el conjunto monástico y lo dejó inservible aunque las monjas no llegaron a sufrir daño. También pudo salvarse el museo y el Archivo monásticos. Tras el incendio, la Comunidad se trasladó a Villarcayo, donde permanece actualmente. Está integrada en la Congregación de San Bernardo de España de monasterios cistercienses