Las primeras noticias escritas de Villafuertes aparecen en 1062, cuando María Fortuniz, señora de la zona, dona sus propiedades y poder al abad de San Pedro de Arlanza. Su territorio estuvo bajo el control de la villa de Muño primero y después de Quintanilla Somuño, hasta el año 1742 que consigue su independencia con la cédula real de Felipe V.
Durante la Edad Media el pueblo fue controlado por el poder religioso de Las Huelgas y el Hospital del Rey, de San Cristobal de Ibeas, De San Pedro de Arlanza,...
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