En un llano al pie de unas lomas de las estribaciones de la Sierra de Tesla, en la carretera que conduce de Burgos a Villarcayo, hallamos a VILLALAÍN, a tres kilómetros de Villarcayo y 72 de Burgos. Son sus vecinos Incinillas, Bisjueces, Santa Cruz de Andino, Horna, Cigüenza y los montes de San Miguel y la Nevera, camino de Soncillo por el oeste.
En una carta de donación de Fernán González al abad de Aguilar, el 8 de abril de 968, aparece su nombre escrito por primera vez y gozaba de la protección del rey, es decir, era lugar de realengo, como atestiguan sus pobladores en las respuestas generales del Catastro del Marqués de la Ensenada en 1752.
Tan sólo 41 habitantes poblaban el lugar en el año 1848, según testimonia Pascual Madoz en su Diccionario geográfico Creció de modo sorprendente en la segunda mitad del siglo XIX, como la inmensa mayoría de los pueblos la provincia, llegando a 291 personas en el año 1900. Siguió creciendo en la atormentada primera mitad del siglo XX y presentaba en 1950 un censo de 330 habitantes. Los efectos, sin embargo, de la persistente emigración de la segunda mitad del siglo han hecho que lo termine con 30 personas en el año 2000