Juan de Garay habría nacido en 1528 en un lugar por determinar del nordeste de la ya unificada Corona de España. Su lugar exacto de nacimiento es polémico: mientras unas fuentes señalan a la ciudad vizcaína de Orduña (actual País Vasco), otras apuntan al municipio burgalés de Junta de Villalba de Losa (actual Castilla y León). Si bien ambas localidades son vecinas, la de Losa fue y sigue siendo una zona castellana, por lo cual hay que tener en cuenta que él mismo se definía como «vizcaíno» y así lo expresaría su descendencia. No se ha encontrado la fe de bautismo de Garay ni en Losa ni en Orduña