Uno de los primeros documentos que recoge el nombre de Villamiel a raíz de una venta en Arcos, data de enero de 1094. La abadía cisterciense de Santa María de Bujedo tuvo posesiones en la localidad. Las monjas del monasterio palentino de Perales poseían el señorío de Villamiel y el de Villanueva-Matamala por donación del conde don Nuño de Lara en 1176 para fundar el convento. También el Cabildo catedrático tuvo heredades en este lugar.