Interior del templo En el interior predomina el aspecto barroco gracias a las bóvedas de arista con lunetos típicas del siglo XVIII. Un buen conjunto de retablos del mismo período acapara todo el protagonismo. En el retablo mayor encontramos una excepcionalmente tallada figura de San Pedro con tiara papal, sentado en la cátedra con las llaves en la mano y pisando la cabeza de Simón el Mago. Alrededor se ubican tres lienzos pintados por el taller vitoriano de los Arroquia, en los que se representa a San Esteban, San Felipe Neri y San Agustín. El arquitecto de Estella Juan Ángel Nagusia fue el encargado de realizar el armazón, dorado por completo y que recuerda al estilo churrigueresco.

Los retablos laterales siguen la misma línea que el principal y fueron realizados de forma conjunta, por lo que se mantiene la autoría. En el de la izquierda vemos a la Virgen del Rosario rodeada de figuras de diversas épocas y en lo alto un lienzo de San José con el Niño. El muro de la capilla en el que se ubicó conserva los restos de las pinturas murales que se realizaron durante la reforma del siglo XVIII y que representan un cortinaje o pabellón abierto por angelotes. Este tipo de pinturas, en claro diálogo con los retablos, ofrecen una escenografía muy típica en este período.

El retablo de la derecha varía su estructura para acoger un calvario con fondo pintado de la ciudad de Jerusalén, con las figuras de la Virgen y San Juan. En lo alto un lienzo de San Antonio de Padua completa el estudiado discurso iconográfico de los tres retablos. En el marco donde se ubica el calvario podemos contemplar otras figuras recolocadas, siendo la más destacable la del Ecce Homo. Este busto de Cristo, de gran devoción en la localidad, data de inicios del siglo XVI y se ha puesto en relación con el mecenazgo que ejerció durante el primer renacimiento la importante familia de los Velasco tanto en la villa de La Puebla de Arganzón como en sus aldeas.

Otros elementos de interés son la pila bautismal, rehecha en el siglo XVIII utilizando para la base los restos de un sagrario gótico del siglo XV; o la talla que se custodia en la sacristía, en origen una Virgen con Niño del siglo XIII procedente de la desaparecida ermita de Traspalacios, muy modificada y repintada a lo largo del tiempo.