Villanueva de Puerta es una pequeña localidad perteneciente al ayuntamiento de Villadiego, al noreste de la capital del municipio y al noroeste de la provincia de Burgos, bañada por el arroyo denominado río Villahernando, afluente del río Brullés, en la comarca Odra-Pisuerga.
Por Villanueva de Puerta pasaba la vía romana de Segisamon (Sasamón) a Flaviobriga (Castro-Urdiales).
La localidad aparece citada en la Carta de Arras del Cid, en el año 1074, con el nombre de Villanueva.
Perteneció a la Cuadrilla de Olmos, formada por ocho lugares y una villa. Lugar que formaba parte de la Jurisdicción de Villadiego en el Partido de Villadiego, uno de los catorce que formaban la Intendencia de Burgos. Contaba con jurisdicción de señorío secular siendo su titular el Duque de Frías, quien nombraba al alcalde pedáneo a propuesta del Adelantado.
La pequeña localidad alargada estructurada a lo largo de la carretera de los Valcárceres, tiene casas bastante antiguas.
Su iglesia dedicada a San Millán se sitúa un poco alejada del pueblo en un alto. Obra de fines del siglo XVI. Se trata de un templo renacentista de dos naves con bóvedas. De su pasado románico hay elementos reaprovechados. Tiene una sencilla portada románica. Pila bautismal románica. Mesa de altar románica usada como banco. La torre con escalera de caracol adosada lateralmente con base renacentista del siglo XVI y remate barroco del siglo XVIII. Capillas adosadas en lateral y cabecera. Coro del siglo XVII de tipo arte morisco renaciente, con un artesonado con algunos relieves.
En medio del pueblo hay dos puentes sobre el río de Villahernando de posible origen romano, los dos con actuación posterior medieval, restaurados y bien conservados.