Villanueva de Río Ubierna es una pequeña localidad y una Entidad Local Menor dependiente del ayuntamiento de Merindad de Río Ubierna, situada en la provincia de Burgos, en una pequeña hondonada al pie de la ladera que circunda el valle del Ubierna por el oeste, en la comarca de Alfoz de Burgos.
Encontramos su nombre escrito por primera vez en el año de 1062 en el cartulario del monasterio de San Pedro de Arlanza.
Lugar que formaba parte, de la Jurisdicción de Río Ubierna en el Partido de Burgos, uno de los catorce que formaban la Intendencia de Burgos, figura como jurisdicción de realengo, perteneciendo únicamente al rey, al que pagaba tributos, con alcalde pedáneo.
Hasta mediados del siglo XIX se denominó Villanueva de los Asnos, nombre que fue sustituido por el actual de Villanueva de Río Ubierna.
Las casas de Villanueva Río Ubierna están todas ellas construidas con piedra de sillería o mampostería. El complejo arquitectónico sorprende por su extensión, las casas surgen abiertas a horizontes amplios y sin callejuelas.
La Iglesia de San Juan Bautista situada en un pequeño altozano, al sur del casco urbano, está construida en piedra de sillería labrada y presenta una sola nave de buena altura con ábside polígonal y una torre rectangular que se levanta a los píes, que juega armónicamente con los numerosos contrafuertes, produciendo un bello efecto arquitectónico. La Iglesia de San Juan Bautista ha sido declarada bien de interés cultural por la Junta de Castilla y León.