El municipio se creó por fusión de los municipios de
Villarcayo y de Merindad de Castilla la Vieja, el 26 de noviembre de 1974. Posteriormente, el 27 de julio de 1979, se segregó del mismo una parte de su término municipal, que pasó al municipio de Medina de Pomar. El territorio segregado fue el correspondiente a las entidades locales menores de Miñón y Villamezán.
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