El resultado fue un templo de planta basilical con tres naves con sus tres
ábsides poligonales que encierran sus respectivos
altares y
capillas entre contrafuertes, dos de ellas a modo de falso crucero sin señalarse en alzado (1553-1557). Los nervios de sus
bóvedas arrancan de
columnas clásicas estriadas. Estas bóvedas se componen de terceletes y nervios combados y sus claves están policromadas y se adornan con rostros de reyes y profetas.. La
bóveda de la
capilla mayor está articulada con dieciocho nervios; en su clave puede distinguirse un rico florón policromado, adornado con águilas simétricas y ángeles cantores portando instrumentos musicales.