En la
Colegiata confluyen los estilos tardorrománico,
gótico, renacentista y barroco herreriano.
En 1541 el papa Pablo III, a petición de don Juan Fernández Manrique de Lara, tercer Marqués de Aguilar y embajador del emperador Carlos I en Roma, concedió a la
iglesia el rango de colegiata, dotándola de nuevos privilegios y exenciones. La erección de
San Miguel al rango colegial supuso la supresión de las más antiguas
colegiatas de San Martín de Escalada, hoy en la provincia de
Burgos, y San Martín de Elines y
Santa Cruz de Castañeda, ambas en
Cantabria.
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